秋津マサキと氷室美久の巻き込まれた史上最強のロボット・ゼオライマーをめぐる壮絶なる戦い。それは狂気の天才科学者・若槻魔沙樹の死によって終わりを告げたかに見えた。しかし彼の死は鉄神帝国ネマトーダ基地の自爆を意味し、その爆発は地球を消滅させるに足る規模だった。ゼオライマーの超次元システムを反転させ爆発エネルギーを吸収し、地球消滅の危機を救ったマサキと美久。だが二人はゼオライマーと共にこの地より消滅した……。それから25年後……すべての記憶をもったまま転生を果したマサキは築嶋真沙希と名を変え、前世の記憶のない「渡瀬」美久を密かに見守っていた。しかし運命は二人を再び戦いの場へと引き込む。復活した鉄神帝国の魔手が、ゼオライマーとその操縦者であるマサキとミクに迫る。
21世紀中盤…人類の文明世界は大きな試練を迎えた…発達した遺伝子技術は世界中で巨大な市場と莫大な利益を生み、研究が加速…… やがて自らの欠点を他の遺伝子を取り込むことで補完する発展型遺伝子が発見され、人類はついに「不老不死」の夢に肉迫した…しかし、研究機関が遺伝子の実験サンプルをバイオハザードしたことで事態は急転…自然界で無制限に遺伝子を取り込み、人類の予想をはるかに超えて進化した「彼等」は人間世界を侵略し始める……「シャヘル」と名付けられた「彼等」は人間の武力を次々に撃破し、わずか2年で南北アメリカ大陸を制圧……文明誕生より一万年…人類は初めて……自らより強力な「種」と対峙していた…
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