秋津マサキと氷室美久の巻き込まれた史上最強のロボット・ゼオライマーをめぐる壮絶なる戦い。それは狂気の天才科学者・若槻魔沙樹の死によって終わりを告げたかに見えた。しかし彼の死は鉄神帝国ネマトーダ基地の自爆を意味し、その爆発は地球を消滅させるに足る規模だった。ゼオライマーの超次元システムを反転させ爆発エネルギーを吸収し、地球消滅の危機を救ったマサキと美久。だが二人はゼオライマーと共にこの地より消滅した……。それから25年後……すべての記憶をもったまま転生を果したマサキは築嶋真沙希と名を変え、前世の記憶のない「渡瀬」美久を密かに見守っていた。しかし運命は二人を再び戦いの場へと引き込む。復活した鉄神帝国の魔手が、ゼオライマーとその操縦者であるマサキとミクに迫る。
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